La creación de este museo surge cuando se encuentran los restos de la Basílica Tardorromana, de gran importancia histórica, ya que son de los únicos restos cristianos en esta orilla del Mediterráneo en el siglo IV. La Basílica es un edificio formado por una única sala rectangular y dos naves colaterales, realizada con piedra de las canteras locales, y por los estudios realizados sabemos que es un monumento inacabado, bien por hechos históricos ocurridos en la zona o bien por usarla como cementerio.
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El museo abrió sus puertas al público el 1 de Noviembre de 2006, Día de todos los Santos y, además de los restos de la Basílica, la museización recoge un recorrido desde la prehistoria hasta la época de dominación islámica. Entre las zonas más significativas del museo encontramos la dedicada al estudio de las factorías de salazones, primera actividad en la época romana. Desde la Catedral y la Plaza de Africa se observaba el paso de los peces y terminada la pesca se desembarcaba en la playa norte. El máximo auge del negocio fue durante el siglo II a. C. hasta el siglo V, creándose consorcios mercantiles y distribuyéndolo por vía marítima. El contenedor típico era el ánfora y existían distintos tipos. Además también se comercializaban las salsas, el famoso Garum, que no dependía de la estacionalidad del pescado.
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Por último está la sección dedicada a la vida de ultratumba, con un sarcófago de la época romana encontrado en la Plaza de Africa y realizado en Roma, donde se ve el alto nivel que alcanzó la ciudad. Al final del recorrido llegamos a la Necrópolis, con dos niveles, con sepulturas de gran pobreza y ausencia de ajuares. Casi todas son anónimas y hay mujeres y hombres con una esperanza de vida de unos 40 años.
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